Disparition des zones humides, fragmentation des habitats, chenalisassions des cours d’eau, contaminations et pollutions des milieux, pêche professionnelle et amateur, braconnage, turbinage, maladies, prédation, parasitisme, introduction d’espèces envahissantes sont considérés comme les principales causes du déclin de l’anguille dans les cours d’eau français et européens.
Entre autres mesures de gestion devant permettre de renverser le déclin de l’espèce et contribuer à la reconstitution du stock, le repeuplement (ou transfert d’anguilles) en Europe consiste à aleviner des milieux naturels en bon état écologique, ayant des potentialités d’accueil et de croissance sous-utilisées naturellement par l’espèce (zones vierges ou « sous-densitaires » d’anguilles) et assurant un taux de survie optimal des poissons jusqu’à leur retour en mer (sources de mortalités réduites). Le repeuplement doit apporter un bénéfice pour l’espèce supérieur à ce qu’entraîne la colonisation naturelle des milieux permettant de fournir de futurs géniteurs sains qui seront en mesure de se reproduire.
Le repeuplement est une obligation communautaire qui concerne, depuis 2013, 60% des débarquements enregistrés au sein des pays producteurs de civelles. Inscrit dans le Plan de Gestion Anguille (PGA), le repeuplement constitue par ailleurs un engagement de la France qui y consacre, dans les bassins français, 5 à 10% de sa production.